En 1998, juste à l'extérieur de l'ancien cercle des murs de Pise, vers la mer, les chemins de fer ont commencé des travaux d'excavation le long de la gare de Pise San Rossore. Des objets en bois ont immédiatement émergé, dont les archéologues ont compris leur importance exceptionnelle. MIBACT, en accord avec le Italian Railway Network, a immédiatement commencé une enquête archéologique dans la région. À environ trois mètres de profondeur, une impressionnante série d'épaves a émergé. En 1999, RFI a décidé, nécessairement, de déplacer le bâtiment ailleurs. Il a alors ouvert un vaste chantier de fouilles, achevé en 2016, qui a restitué une trentaine de bateaux romains et des kilomètres de fragments de céramique, de verre, de métaux, d'éléments en matière organique.
Le travail laborieux des archéologues et des restaurateurs a recomposé la mosaïque d'une longue histoire, faite de commerce et de marins, de navigation et d'itinéraires, de vie quotidienne à bord et de naufrages.
L'état de conservation exceptionnel des découvertes a affecté l'activité de fouille, pour éviter que les pièces en bois ne soient excessivement exposées aux agents atmosphériques et en même temps garantir une documentation scientifique complète.
Le bois, conservé sous l'eau en l'absence d'oxygène, parvient à conserver sa structure anatomique : le manque d'oxygène empêche les champignons et les bactéries de proliférer et d'affecter la cellulose et la lignine, composants fondamentaux du tissu cellulaire.